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我国在1990年正式将计算机软件列为《著作权法》的作品保护范围，随后国务院发布了《中华人民共和国计算机软件保护条例》，随着2001年《著作权法》的修改，国务院也对此条例做了修订。依据《计算机软件保护条例》的规定，软件的著作权保护就是保护软件的著作权人或者其受让者享有的软件著作权的各项权利，具体包括发表权、署名权、修改权、复制权、发行权、出租权、信息网络传播权、翻译权等权利。
软件的著作权保护已被各国所认同，它的优点非常明显，有利于保护软件权利人的复制权。计算机软件本身有易复制易改编的特点，而软件的开发又需要耗费大量的人力物力财力，所以复制抄袭成了侵害软件著作权的主要方式。依据《著作权法》的规定，软件著作权人的这种权利可以容易地获得保护。
其次软件著作权保护使著作权人获得保护的程序简便。计算机软件只要符合著作权法的要求，几乎所有独立完成的软件都可以受到著作权法的保护。它并不排斥其他人独立完成的相同或相似的作品。作品的著作权采用自然生效原则，著作权的登记只是获得证据的一种方式，而不是生效条件，即使是将其作为诉讼的前提，其登记程序同专利申请程序相比较，也是非常简便的。
再次由于各国普遍建立起著作权制度，并有许多国家参加了《伯尔尼公约》和《世界版权公约》，所以取得著作权保护后软件的国际保护也容易实现。
“根据著作权保护的创意表达二分法原则，著作权只保护创意的表达，却不保护创意本身。”这里所谓的创意也就是软件的技术方案。从社会角度来说，如果对软件只进行著作权保护的话，其他的开发者可以利用已有软件的创作思想并且从中得到启发，研制出新的软件，促进软件业的发展。但是从受保护的软件创作者的角度看，他的成果被别人无偿利用，自己权益受到侵害。这也就是著作权保护的缺陷之处。
先申请了软件著作权还能申请专利。
关键的问题是搞清软件著作权与专利权的含义区别：软件作品完成后，不论是否进行计算机软件著作权登记，著作权就依法产生了。为了取得明确的证据，防止日后的纠纷，可以申请软件著作权登记。专利权需要申请才能授予。
计算机程序具有作品性质，它的代码表达就受到著作权法的保护。著作权并不保护“构想”本身，只保护“形式”。
1、计算机软件著作权与专利权冲突的一种形式是软件的著作权人利用已经申请专利的软件技术方案编写出新的程序，然后进行了软件著作权登记。软件申请专利就意味着其专利就要对社会公开，这也为著作权与专利权冲突提供了可能性。这种冲突形式实际上是一种专利侵权。
2、另一种冲突形式是软件开发者对他人已经申请著作权登记的软件进行反向工程，从而获取其技术方案申请专利。“反向工程（reverse engineering）,一般是指通过拆卸成品来了解成品结构、进行仿制的做法。”计算机领域的反向工程是指为了学习研究某一软件的性能，开发与之兼容的产品，或者为了确定原作是否合法，软件及其复制品所有人从软件的目标代码出发，通过反汇编的方式寻找原代码的活动。将反向工程用于软件且将获得的技术方案申请专利的行为是侵犯版权的行为。
3、还有一种专利权与著作权冲突的特殊表现形式是专利权的滥用。“IBM公司计划宣布向外界开放500多个软件的专利权，用户在linux等开源平台上都可以免费使用上述软件，IBM利用传统的专利保护模式占有大量的专利然后向使用专利的用户收费，IBM公司指出，2004年公司从专利许可中获得约十亿美圆的收入。”虽然IBM公司逐步开放其专利但是幅度是很小的，公司手中仍然握有大量的专利，这对其他中小软件公司的发展极为不利，这些公司每走一步都有可能掉进大公司的专利雷区，从而要交纳高昂的专利使用费。我国加入世贸组织后对外开放程度逐步加大，许多国外公司到中国来大量申请专利，这也是国外公司的企业知识产权战略之一。