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根据国务院颁布的《知识产权海关保护条例》第二条的规定，我国海关保护的知识产权应当是与进出口货物有关并受中华人民共和国法律、行政法规保护的商标专用权、著作权和与著作权有关的权利、专利权。申请专利权备案时，需要填写申请书，经审核合格才可。
只有知识产权权利人可以申请知识产权海关保护备案。这里“知识产权权利人”指我国《商标法》、《专利法》和《著作权法》中规定的商标注册人、专利权人、著作权人和与著作权有关的权利人。
使用专利权的被许可人不能以自己的名义申请知识产权备案，但是可以接受专利权人以其代理人的身份提出申请。
1、必须提交的申请文件
（1）专利权海关保护备案申请书（可自《备案系统》自动生成，打印后签章）；
（2）申请人身份证明文件（二选一）；
自然人：个人身份证件复印件（签章并注明“与原件核对无误”）；
法人：工商营业执照复印件或其他注册登记文件复印件（签章并注明“与原件核对无误”），外文注册证明应当提供中文译本。
（3）专利证书复印件（签章，注明与原件核对无误）；申请外观设计专利还要提供外观设计专利公告复印件（签章并注明“与原件核对无误”）；实用新型专利要提供实用新型专利检索报告复印件（签章并注明“与原件核对无误”）。上述专利授权自公告之日起已超过1年的，还必须提交申请前6个月内出具的专利登记簿副本原件；
（4）货物及其外包装的照片或样品；
（5）缴纳备案费银行单据复印件（签章并注明“与原件核对无误”）。
2、委托代理人申请海关备案，需要补充提交的文件
（1）海关总署制定的固定格式委托书（可自本网站下载）原件，由权利人签章；
（2）代理人身份证明文件（二选一）；
自然人：个人身份证件复印件（签章并注明“与原件核对无误”）；
法人：营业执照复印件（签章并注明“与原件核对无误”）。
3、选择提交的文件
（1）已知侵权货物进出口的证据；
（2）权利许可使用情况，有许可使用合同的提交合同复印件（签章并注明“与原件核对无误”），没有合同的提供许可名单、内容、期限等情况；
（3）海关要求提供的其他相关文件。
注意：境外（包括港、澳、台地区）知识产权权利人申请知识产权海关备案的，必须由其在境内设立的办事机构或者境内代理人向海关提出申请。
备案号：______________
专利权海关保护备案申请书（格式）
┌─┬─────────────────────────────────
│ │ │
│海│申请编号：_________________________ 送达日期： 年 月 日│
│关│ │
│审│初审意见：_________________________ 初审日期： 年 月 日│
│核│ │
│意│复核意见：_________________________ 复核日期： 年 月 日│
│见│ │
│ │审批意见：_________________________ 审批日期： 年 月 日│
└─┴─────────────────────────────────
一、申请人情况
1、申请人名称／姓名：___________________________________________
2、申请人英文名称：_____________________________________________
3、注册国（地区）／国籍：_______________________________
4、注册地／住所地（省／区／直辖市）：___________________
5、注册地址／住址：_____________________________________________
6、法定代表人姓名（申请人为自然人的不填）：_____________
二、联系人情况
7、姓名：___________________________ □ 代理人
8、注册地／住所地（省／区／直辖市）：___________________________
9、联系人单位及部门：___________________________________________
10、通讯地址：__________________________________________________
邮政编码：______________
11、联系人电话：________（区号）－____________－________（分机）
12、联系人传真：________（区号）－____________－________（分机）
13、联系人手机号：______________________
14、联系人电子邮箱：____________________________________________
15、备注：______________________________________________________
三、专利授权情况
16、专利名称：__________________________________________________
17、专利号：ZL____________________
18、专利类型： 发明：□ 实用新型：□ 外观设计：□
19、专利申请日： 年 月 日
20、专利授权公告日： 年 月 日
21、专利权终止日： 年 月 日
22、专利公告号：______________
23、备注：______________________________________________________
四、合法行使专利权状况（可添加附表）
24、专利产品名称：______________________________________________
25、海关商品编码：____________________
26、制造／进出口商：____________________________________________
27、进出境地海关：______________________________________________
28、专利产品的其他特征：________________________________________
五、随附文件
29、请确认是否随附以下文件和证据：
□申请人身份证明
□代理授权委托书
□专利证书复印件
□专利登记簿副本
□实用新型检索报告复印件
□外观设计公告复印件
□专利实施许可文件（ ）份
□专利产品的照片或样品（ ）份
□已知的侵权货物进出口的证据（ ）份
□其他文件（ ）
申请人：____________________________________
签章：
申请日期： 年 月 日
知识产权权利人进行知识产权海关保护备案，应当向海关总署提交备案申请书并随附有关证明文件（随附文件请详见“三、对随附文件的要求”）。提交备案申请书的具体程序如下：
1、填写备案申请书。申请人应当根据其申请备案的知识产权类型，填写《专利权海关保护备案申请书》，申请人也可以通过海关总署《知识产权海关保护备案申请和查询系统》（以下简称《备案系统》），在网上提出备案申请；
2、根据海关总署的要求备齐随附文件，随同备案申请书一起寄送以下地址：
北京市建国门内大街6号，邮编：100730
海关总署政策法规司知识产权保护处
3、根据海关总署审核意见，修改或补充申请文件。海关总署应当自收到申请人提交的全部申请文件之日起30个工作日内作出核准或者驳回申请的决定。对不符合要求的申请，海关总署将向申请人发送驳回通知书，但不再退还原申请文件。申请人如果使用《备案系统》申请的，也可以通过查询系统中海关总署“审核意见”一栏，了解驳回原因并及时予以补正。
对海关总署驳回的申请，申请人可以按照以下规定，重新提交或者补交有关文件：
（1）申请人不是知识产权权利人或其代理人的：更改后重新提交全部申请文件；
（2）申请书填写错误或者未由申请人签章的：更改后重新提交申请书；
（3）随附文件（包括备案费转帐单）不齐全的：补交有关文件。
注意：海关总署驳回后，申请人重新提交或者补交申请文件的，海关总署审核申请的期限重新计算。