一、概念辨析
违法主体不同，虚报注册资本的违法主体为公司，虚假出资的违法主体则为股东;
违法行为所侵害的客体不同，虚报注册资本侵害的是公司登记制度，而虚假出资则不仅侵害了登记制度，同时还损害了其他已依法出资的股东的权益：
两者违法主体的主观状态不同，虚报注册资本体现的是公司的意志，应当存在全体股东的共谋;而虚假出资体现的仅仅是个别股东的个人意志，不需要全体股东的共同意志。
二、实践中发生的问题
（一）金融机构把注册验资资金从临时账户直接支出是违法的，但没有规定具体处罚。
《人民币银行结算账户管理办法》第三十七条规定：“注册验资的临时存款账户在验资期间只收不付，注册验资资金的汇缴人应与出资人的名称一致。”第三十八条规定：“存款人开立单位银行结算账户，自正式开立之日起3个工作日后，方可办理付款业务。但注册验资的临时存款账户转为基本存款账户和因借款转存开立的一般存款账户除外。”从上述规定来看，注册验资资金应从基本账户支付，从临时存款账户直接付款是违法的，但法律对于金融机构这一违法行为没有处罚规定，也没有规定从临时账户支付的就意味着公司没有收到注册资本，因此直接依据上述规定界定属于虚报注册资本还是虚假出资有一定的困难。
（二）关于虚报注册资本的行为，《公司法》和《刑法》规定的责任承担主体不一样。
从《公司法》对虚报注册资本的规定与《刑法》中的“虚报注册资本罪”的界定对照来看，虚报注册资本行为，《公司法》规定的责任承担者是已经取得登记的公司；而刑事责任的承担人是“虚报注册资本的单位或个人”，即虚报行为的实施者往往是股东或办理公司登记的受托人。
这样不同的法律规定，使得“公司虚报注册资本”与“股东虚假出资”两种情况更难区分，在公司登记违法中这二者又往往是竞合发生，明确行为的性质和处罚结果显得极为重要。
