关于一次性取得的经济补偿金该如何缴税的问题，我们一般依据《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》(国税发[1999]178号)和《财政部、国家税务总局关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》(财税[2001]157号)这两个文件进行计算。
国税发[1999]178号文件主要规定：
(1)个人取得的一次性经济补偿金可以在一定期限内进行平均，以降低“月应纳税所得额”;
(2)具体期限为“个人在本企业的工作年限数”;
(3)工作年限超过12个月的，依照12个月计算;
(4)“月应纳所得额”还应扣除个人应缴的“四金”部分;
(5)经上述平均计算之后得出“月应纳所得额”，再依照《个人所得税法》计算应缴税款;
财税[2001]157号文件在前述规定的基础上再作了征免处理，主要规定：
(1)经济补偿金等在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税;
(2)企业依照国家有关法律规定宣告破产，企业职工从该破产企业取得的一次性安置费收入，免征个人所得税。
同时，根据2008年1月1日实施的《劳动合同法》之85、87等条款之规定，现除经济补偿金外还出现了“赔偿金”之概念。从目前司法实践来看，赔偿金也可依照上述规定计缴税款。
公式为：
应代为扣缴的个人所得税={[(经济补偿金总收入-当地上年职工平均工资的3倍-实际缴存的社会保险费和住房公积金)÷本单位的工作年限-个人所得税扣除额]×适用税率-速算扣除数}×本单位的工作年限
