什么情况可以扣发员工工资？符合以下条件的，用人单位从员工的工资中进行扣发是合法的：
1、代扣个人所得税；
2、代缴社会保险的个人缴费部分和住房公积金的个人缴费部分；
3、协助执行法院判决、裁定，及其它生效的法律文书；
4、抵扣用人单位的损失。按《工资支付暂行规定》第16条的规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，需要注意的是，这种情况下的扣发，有两个限制，一是每月扣除的部分不能超过劳动者当月工资的20%；二是扣除后剩余的工资不能低于当地的最低工资，若低于最低工资标准，则按最低工资标准支付。当然，对于劳动者给用人单位造成损失的，也可以选择让劳动者另行一次性赔偿单位损失，但从工资中直接扣发的话，不能违反上述规定。
在劳动者有缺勤的情况下，如病假或事假，用人单位按照法律规定和规章制度规定，对缺勤期间的工资另行计算，比正常上班工资要低，这不是扣发，而是缺勤期间本来就该少拿或不拿工资，是合法的。
