一、非法行医与医疗事故的界限
非法行医罪与医疗事故罪都属于危害公共卫生方面的犯罪，二者在客观上都可能造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康的后果，它们的区别主要在于：
（1）客观方面不同。前者在客观方面表现为，违反国家有关医疗管理的法律、法规的规定，非法行医，情节严重的行为。后者在客观方面表现为，医务人员在合法的诊疗护理过程中，违反规章制度，严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为。
（2）主体不同。前者的主体是不具有医生执业资格的人，而后者的主体是已经取得医生执业资格的医务人员。
（3）主观方面不同。前者对行为人造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康后果，所持的心理态度既可以是过失，也可以是间接故意，但对于违反医疗管理制度的行为，则是直接故意。后者对造成严重不良后果所持的心理态度只能是过失。
二、非法行医与非法经营的界限
非法经营罪，是指违反国家法规，非法进行经营活动，扰乱市场秩序，情节严重的行为。它与非法行医罪的共同之处表现为，都是违背国家许可证制度，都必须情节严重才构成。二者的区别表现在：
（1）客体不同。非法行医罪侵犯的客体是国家对医疗机构的管理制度和公众的生命健康安全，后者侵犯的客体是市场管理秩序，一般并不侵犯公民的生命健康权利。
（2）客观方面不同。非法行医罪表现为非法从事医疗活动，而后者表现为非法从事医疗活动以外的其他经营活动。
（3）主体不同。非法行医罪的主体是特殊主体，即通常具备一定的医学知识但未取得医生执业资格的人，而后者的主体是一般主体。
