知识产权海关保护分为主动保护和被动保护两种执法模式，而知识产权海关保护备案是海关采取主动保护措施的前提条件。只有知识产权已经在海关总署备案的情况下，海关才将主动发现进出口侵权嫌疑货物的情况通知知识产权权利人。 备案有助于海关发现和查处侵权货物。虽然知识产权权利人可以直接向海关申请扣留侵权嫌疑货的，而不需事先进行知识产权备案，但是通常知识产权权利人仅靠自己的努力发现即将进出口的侵权货物是很难的。海关对进出口货物的日常监管是目前发现侵权货物的主要途径。根据海关统计，目前90%以上的进出口侵权货物都是海关执法人员在对进出口货物进行监管过程中主动查获的。备案后，不仅使海关可以启动主动保护程序，而且也使海关能够在对货物的日常监管中及时发现侵权嫌疑货物，并及时与权利人联系办理确认、申请、担保、扣留等有关手续。 而不办理备案，就相当于自动放弃了打击假冒的重要武器。而有无备案，在请求海关扣留侵权嫌疑货物时的手续也是不一样的。如果有关知识产权未在海关总署备案，知识产权权利人此时应当向海关提交商标注册证、专利登记薄副本以及证明著作权有关文件或证据、权利人个人身份证、营业执照或者其他身份证明文件。 最后，备案还可以减少侵权行为的发生。由于知识产权备案的信息是向社会开放的，知识产权权利人办理备案，可以对那些毫无顾忌地进出口侵权货物的企业产生警告和震慑作用，促使其进出口侵权货物的违法行为有所收敛。
