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根据《财政支出绩效评价管理暂行办法》（财预〔2011〕285号）、《中央部门财政支出绩效评价工作规程（试行）》（财办预〔2011〕47号）以及《农业财政项目绩效评价规范》有关规定，以自然年度1-12月为基准，对纳入农业部部门预算管理并确定为财政部绩效评价试点范围的农业财政项目上年度绩效评价实施、当年绩效评价工作开展、下年度绩效评价确认工作中财务司与项目主管司局各阶段分工，制定以下工作规程。
农业部财政项目绩效评价工作（以下简称绩效评价工作）由财务司牵头组织，项目主管司局具体组织实施。财务司负责统一制定绩效评价工作规章制度，指导、监督、检查各项目主管司局的绩效评价工作。有关项目主管司局负责提出绩效评价试点项目、填报绩效目标和制定绩效评价方案，确定评价主体，开展评价工作，提交绩效评价报告。各阶段具体工作分工如下：
一、上年度绩效评价实施
财务司：
1.组织项目主管司局按照要求开展上年度绩效评价工作，了解绩效评价工作中存在的问题并协助解决；督促项目主管司局完成绩效评价工作并按时提交上年度试点项目绩效报告、绩效评价报告。
2.进行上年度绩效评价工作总结。按时将项目绩效报告、绩效评价报告上报财政部（3月31日前）。
3.配合财政部开展上年度绩效评价的再评价工作（5月-7月）。
项目主管司局：
1.组织项目实施单位根据上年度绩效目标、绩效指标开展试点项目绩效自评。项目实施单位按要求开展试点项目绩效自评，及时撰写并向项目主管司局提交绩效报告（1月25日前）。2.项目主管司局审核汇总各项目实施单位的绩效自评报告，形成上年度绩效报告（1月31日前）。
3.项目主管司局按照《农业财政项目绩效评价规范》要求，组织绩效评价主体根据批复的上年度试点项目绩效目标开展绩效评价。根据审核汇总形成项目绩效报告，对试点项目绩效目标和绩效指标的实现程度进行考核，撰写绩效评价报告，按规定时间报财务司（3月15日前）。
二、当年绩效评价工作开展
财务司：
1.根据财政部预算批复文件，及时将本年度的绩效评价试点项目、绩效目标、绩效指标批复项目主管司局（4月30日前）。
2.接收财政部上年度绩效评价报告审核结论、结果应用建议等，及时将财政部的意见反馈给项目主管司局。
3.及时掌握本年度绩效评价工作开展情况，指导项目主管司局及时开展本年度项目绩效评价各项工作（5月-12月）。项目主管司局：
1.收到本年度绩效评价试点项目、绩效目标、绩效指标批复后，成立相应的绩效评价组织机构，启动本单位绩效评价工作（5月20日前）。
2.根据有关规定和评价对象的特点，商财务司确定评价主体，拟定详细的评价工作方案（5月31日前）。
3.及时向项目实施单位下达绩效评价通知书并抄送评价主体（6月30日前），及时掌握本年度项目实施情况，加快预算执行，保证绩效目标的如期实现；对项目执行中偏离绩效目标的情况及时采取措施予以纠正（6月-12月）。
三、下年度绩效评价确认工作
财务司：
1.根据财政部要求，及时通知项目主管司局下年度预算编制中绩效评价的各项工作要求（6月）。
2.商项目主管司局确定下年度绩效评价试点项目，指导项目主管司局合理确定绩效目标、绩效指标，科学设置指标内容和指标值（6-7月）。
3.审核项目主管司局确定的下年度绩效评价试点项目建议、绩效目标、绩效指标，随部门“一上”预算报财政部。（8月 10日前）。
4.根据财政部“一下”预算文件，将财政部审核确定的下年度绩效试点项目通知项目主管司局，并要求项目主管司局按照“一下”控制数规模，调整下年度绩效目标和绩效指标（11月5日前）。
5.对项目主管司局调整后报送的下年度绩效目标、绩效指标、绩效评价工作经费安排情况进行审核，随部门“二上”预算报财政部（12月10日前）。
项目主管司局：
1.按照财政部预算编制要求，拟定下年度绩效评价试点项目，填报绩效目标、绩效指标，科学设置指标内容和指标值，做到“指向明确、具体细化、合理可行”，按规定时间报财务司（6月-7月上旬）。
2.根据财政部“一下”控制数，调整本单位下年度绩效评价试点项目的绩效目标、绩效指标，随部门“二上”预算报财务司（11月20日前）。