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我在2006.1-2008.12在公司服务三年，在这三年期间经常加班，但单位一直没有支付加班工资，我问他要加班工资，公司只肯按当地最底工资支付我的加班工资，合同上有一条乙方应遵照执行甲方制定的员工手册如有立功表扬或违反等行为，一切按甲方员工手册上的有关规定执行（员工手册上有一条：员工加班必须由部门事先申请，经部门经理或总经理批准后方可加班，否则不计加班工资。加班工资按当地最底工资标准为基数来计算），我想问一下，公司做法合法吗？