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我单位进行危旧房改住房改造工程，单位是甲方，我们是乙方；双方已经签订了《危旧房改住房改造补偿安置协议书》，还要签订《房屋置换协议书》，后者对前者的一些条款进行了修改，而且后者还有些条款不符合政府规定，显然对乙方不利。由于都是格式合同，条款也是格式条款，一旦签定了后者，就要以后者为准，很难协商，不签订又感到很为难，应当怎么办？希望得到解答。谢谢。