1、法律问题：
没有施工资质签订的施工协议是否有效，如何结算工程款
我是一家小型建筑公司，2013年1月通过招投标于房地产公司签订了一份施工合同，并到当地建设局进行了备案，合同签订后我们又签订了一份补充协议，对原合同价款进行了调整，增加了6%的工程款。施工完毕后，双方进行了结算，一致认可按照第二份补充协议结算工程款，双方签订了结算协议，并且加盖公章。现甲方反悔，认为第二份补充施工协议违反招投标法规定，属于无效合同，双方签订的结算协议也无效，应当按照第一份备案施工合同约定结算工程款，请问甲方的主张有法律依据吗？
解答如下：
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同司法解释》第21条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标施工合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程款的根据。因此，在建设工程施工完毕后，双方对于工程款的结算，应当以备案施工合同为结算依据。但是对于双方已经按照真实意思表示进行结算，并签订结算协议的情况下，该结算协议是一份独立的合同，真实有效。虽然黑合同无效，但是双方协商一致达成的结算协议不因此无效。根据《合同法》第8条规定，依法成立的合同，对于当事人具有法律约束力，当事人应当按照合同约定履行，任何一方不得擅自变更或者解除合同。
因此，你们与甲方后来签订的第二份补充协议虽然无效，但是你们又与甲方进行了结算，该结算是你们双方真实的意思表示，应当合法有效，双方应当按照独立的结算协议履行工程款的给付。
2、法律问题：
甲方按照黑合同进行工程款结算后又反悔怎么办
我是一家小型建筑公司，2013年1月通过招投标于房地产公司签订了一份施工合同，并到当地建设局进行了备案，合同签订后我们又签订了一份补充协议，对原合同价款进行了调整，增加了6%的工程款。施工完毕后，双方进行了结算，一致认可按照第二份补充协议结算工程款，双方签订了结算协议，并且加盖公章。现甲方反悔，认为第二份补充施工协议违反招投标法规定，属于无效合同，双方签订的结算协议也无效，应当按照第一份备案施工合同约定结算工程款，请问甲方的主张有法律依据吗？
解答如下：
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同司法解释》第21条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标施工合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程款的根据。因此，在建设工程施工完毕后，双方对于工程款的结算，应当以备案施工合同为结算依据。但是对于双方已经按照真实意思表示进行结算，并签订结算协议的情况下，该结算协议是一份独立的合同，真实有效。虽然黑合同无效，但是双方协商一致达成的结算协议不因此无效。根据《合同法》第8条规定，依法成立的合同，对于当事人具有法律约束力，当事人应当按照合同约定履行，任何一方不得擅自变更或者解除合同。
因此，你们与甲方后来签订的第二份补充协议虽然无效，但是你们又与甲方进行了结算，该结算是你们双方真实的意思表示，应当合法有效，双方应当按照独立的结算协议履行工程款的给付。
3、建设工程合同无效的，如何结算工程款
法律问题：
我们是一家建筑公司，根据甲方的邀请，给甲方承建一座商业楼，双方签订了施工协议，具体约定了工期、价款和质量等条款。施工完毕后，甲方对工程进行了验收，工程质量合格。后来经过我们了解，甲方的工程还没有取得规划许可证。现甲方对于该工程还欠我们1000万元不给付，我们起诉到法院，法院认为由于甲方没有取得建设规划许可证，施工合同无效，请问，如果合同无效如何结算工程款。
解答如下：
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同司法解释》第2条规定：“建设工程施工合同无效，但是建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程款价款的，应于支持。”第3条规定：“建设工程施工合同无效，且建设工程验收不合格的，按照以下情形处理：（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应于支持；（二）修复后的建设工程竣工验收不合格，承包人请求支付工程款的，不予支持。发包人有过错的，也承担相应责任。
根据以上司法解释规定，你们承建甲方的工程经过竣工验收合格，那么你们有权利按照施工合同的约定，要求甲方支付给你们约定的工程款。但是在实践中，承包人往往为了接到工程，并且因为处于弱势地位，以很低的价格承接工程，司法解释的制定也是主要为了保护承包人。因此，承包人也可以积极主张按照定额结算工程款，承包人要举证证明过错责任主要在于甲方，工程造价明显低于社会成本价。
