由于房屋的具体补偿价格是通过估价得出的，因此，要真正落实征收条例关于市场价的补偿标准，必须建立真正市场化的估价制度。现行的估价方式虽然很多，但大致可以分为两类：一类是以政府定价为依据的估价方式，代表性的方式为成本法，一类是以公开的市场价格为依据的估价方式，代表性的方式为市场比较法。事实上，在征收条例实施之前，国务院原城市房屋拆迁管理条例以及相关的地方性法规、部门规章、地方政府规章或规定均明确要求以房地产市场评估价格确定补偿金额，《城市房屋拆迁管理条例》第24条明确（城市拆迁）货币补偿的金额，以房地产市场评估价格确定，建设部2003年发布的《城市房屋拆迁估价指导意见》以及不少地方政府职能部门发布的关于拆迁估价的规范性文件亦明确要求房地产的估价应当首先采用市场比较法，只有在可比交易实例难以收集、市场比较法难于采用时，可采用成本法评估，但这些规定在实践中并没有得到执行，成本法仍然是房地产估价中最常采用的基本方式，实践中之所以舍市场比较法而采成本法是因为两者在估价结果方面存在着巨大的差异，成本法的估价结果要远低于市场比较法，而导致这种差异的根源就出在估价的依据上，成本法采取的是房屋重置价加区位价的估价方式，而房屋重置价及区位价都是由政府部门制定和发布的价格，尽可能压低房屋重置价特别是区位价几乎是各地方政府普遍的做法，政府的定价越低，估价结果偏离真正的市场价格就越远。
因此，要真正实现市场化的补偿标准，还需要健全和完善估价制度。首先，必须明确规定以市场比较法作为被征收房屋估价的基本原则，在还没有更好的方式替代前，市场比较法是一种比较客观公正的方式，而且其估价结果也是最接近市场价格的一种方式。其次，必须对其他替代估价方式特别是成本法的适用条件进行严格的限制，明确只有在交易实例难以采集、市场比较法无法采用的情形下才应允许使用替代的估价方式。再次，应当对政府的定价权进行严格的约束，使政府的定价尽可能接近当地房地产市场真实的交易价格。
