与外国海关法和国内其他部门法相比，我国海关法律制度独具特色，有一些制度甚至是独创的，具体体现在：
1、法人犯罪制度
法人的概念从民事法律制度比较发达的西方引入，原来用于我国民法学和民事法律中。建国后一直到改革开放初期，构成我国“单位”、“组织”的都清一色是国家或集体性质，按当时的观念，“单位”、“组织”社会主义性质只存在单位成员的个人违法犯罪，而“单位”本身不可能违法犯罪。但是，在特殊的历史年代（战争年代和文革期间），一些机关、团体、企事业单位，动辄以“组织”名义侵犯公民正当权益的事情时有发生。但对于企业、社会团体甚至国家机关是否存在犯罪行为，能否追究刑事责任则争议很大。20世纪80年代，我国实行对外开放，有计划经济向市场经济转型，一些不法分子利欲熏心，铤而走险，利用国内外市场差价，大举走私，牟取暴利。单位走私也在这时进入了立法治理的范畴。1987年《海关法》应运而生，直接规定机关、团体、企业、事业单位犯走私罪，对单位处罚罚金并追究主管领导人员和直接责任人员刑事责任。这一规定具有划时代的意义，成为我国单位犯罪的风向标，直接影响后来一系列有关单位犯罪的规定。
2、垂直管理体制
由国家立法专门规定行政部门机关的设置和领导关系、管理体制，在我国法律制度中是独特的。《海关法》关于“国务院设立海关总署，统一管理全国海关”，“国家在对外开放的口岸和海关监管业务集中的地点设立海关。海关的隶属关系，不受行政区划的限制”的规定，确立了海关高度集中、统一的垂直领导体制。
3、行政执法程序与刑事执法程序的内部转换制度
海关每年查获走私案件上万起，其中部分违法性质、情节严重的（达到一定逃税额或数量）构成走私罪。海关缉私部门依法同时承担行政、刑事执法职责，在其他部门不多见。执法实践中常常发生按一般走私行为立案、调查，采取行政措施扣留货物、物品、运输工具后认为构成走私罪嫌疑，对嫌疑人采取行政拘留措施，然后案件改为走私罪刑事案件立案侦查，办理走私罪嫌疑人的刑事拘留手续，并可能进一步办理报请批准逮捕手续，办理走私货物、物品、运输工具的刑事扣押手续。反之亦然。但为保证两种执法权力不致混用甚至滥用，就需要按严格的程序转换制度。
4、种类齐全的行政强制措施
海关行政执法范围广、责任大，事关国计民生，为保证海关旅行职能，海关法及有关法律、行政法规赋予海关充分的权力，包括采取种类齐全的行政措施权，诸如人身检查权、扣留权，金融单位帐户资金的查询权、划拨扣缴和抵缴权，违法货物的变卖权，违法人和纳税义务人合法财产的保全、扣留、变卖、抵缴权，违法货物、物品的收缴权，货物及有关账册资料的封存权，以及强制收取保证金、抵押物的权力，等等，这在我国法律制度中也是不多见的。
5、海关监管货物的物权限制制度
根据《海关法》的规定，一般进口货物自进境起到海关放行止，出口货物自向海关申报起到出境止，海关减免税货物在海关监管年限内，保税货物在保税区内或在保税区期间，过境货物、通运货物及暂时进境货物在我关境期间，暂时出境货物在出境期间，都必须接受海关监管，未经海关许可，收发货人或所有人、经营人、保管人、运输人，均不得擅自提取、交付、发运或抵押、质押、转让、移作他用。同时，还规定法院在处置海关监管货物时，应当责令当事人缴纳关税，办结海关手续。
6、没收走私货物制度
海关对走私货物的处理不同于公安司法机关对盗窃、抢劫的赃物和赃款的处理，前者没收，后者发还失主。打击走私、没收走私货物是各国法律制度的通例。但在国外以走私论处而没收的一般为毒品、伪造货币、侵犯知识产权等禁止进出境货物物品，以及极少数严格控制进出口的货物如烟草制品等。而我国法律专门规定了走私普通货物罪，海关没收的私货在很多情况下并不属于私人所有。海关法规定“法院判决没收和海关决定没收的走私货物，由海关统一变卖，所得价款上缴国库”，形成我国独特的海关没收私货法律制度。
7、运输工具负责人承担法律责任制度
尽管运输工具负责人受雇运输走私货物，本人不是“直接走私人”，但实际走私人幕后操纵走私，法律难以追究而走私行为必须打击，另外运输人在不能持有合法证明情况下进入我国（包括内海、领海），本身也属违法，因此，法律规定在上述情况下以运输工具负责人为走私人追究刑事责任并没收私货。这与刑法一般情况下不追究受雇人或者仅作为从犯追究明显不同。
8、行政担保制度
海关法律开创性地设定有多种行政担保制度，包括进出口人未办结海关手续而提出海关先放行货物申请的“通关担保”，申请暂缓纳税而主动缴纳或海关认为存在税收风险责令缴纳的“税收担保”,海关对无法或不便扣留的违法嫌疑货物收取的或为保证海关行政处罚对出境的当事人收取的“处罚担保”，以及申请海关采取知识产权保护的权利人或要求先予放行嫌疑侵权货物的进出口人提交的“知识产权保护担保”等。海关行政担保与民事担保有类似的形式，但有本质区别。海关行政担保的担保人就担保事项对海关承担行政责任，未履行担保义务的，海关可以强制履行并给予行政处罚。海关向行政相对人直接收取担保，具有强制性质；相对人申请担保的，大多数情况下由海关行政相对人自我担保，经海关审查认可，也可以由第三方担保。
9、行政代理制度
海关行政代理制度也是独创性的行政法律制度。海关行政代理主要有“外贸代理”、“报关代理”两类，都是与民事代理不同的法律制度。其中，报关代理人（代理进出口经营人向海关办理报关手续的人）对海关负有合理审查、如实申报的义务，未能履行合理审查义务、造成申报不实的，海关给予行政处罚；而外贸代理的实际进出口人即被代理人与海关进出境监督管理并不直接发生关系，而代理进出口人才是行政管理相对人，其身份才是对外贸易法和海关法意义上的进出口经营者。因此，海关法律制度规定由代理人就其代理进出口的货物、物品进出关境行为的合法性对海关负责任。
10、无过错赔偿制度
1990年的《行政诉讼法》行政违法行为侵犯公民、法人和其他组织合法权利的国家赔偿制度；1995年的《国家赔偿法》全面建立了国家行政赔偿和刑事赔偿制度。上述制度都是属于基于“过错原则”的国家赔偿。近年来，法学界和立法机关都在探讨建立国家机关在其职务行为并无过错的情况下给公民、法人和其他组织合法权益造成损害的赔偿（一般称为“补偿”）制度。其实，早在1987年，《海关法》就是实行了海关依法履行职务，因查验行为造成货物、物品损坏的，要赔偿实际损失的制度——即无过错赔偿制度。
11、海关统计制度
根据《海关法》、《统计法》和《海关统计条例》的规定，海关依法独立编制进出口贸易统计，海关总署负责组织、管理全国海关统计工作。该统计属于国家正式统计，是国民经济的组成部分。“海关统计的任务是对进出口货物贸易进行统计调查、统计分析和统计监督，进行进出口检测预警，编制管理和公布海关统计资料，提供统计服务。”
12、知识产权海关保护制度
根据《知识产权海关保护条例》（1994年颁布实施，2003、2009年两次修订）和《海关法》（2000年确认该保护职能）的规定，知识产权海关保护“主动保护”与“被动保护”相结合的原则（提法来自国外）。所谓主动保护，是指国家法律（如美国等）认为侵权行为侵犯的是国家保护知识产权、促进科技进步和经济发展的国家利益，因此，需要“公权力保护”。所谓“被动保护”是指国家法律（如欧盟大部分国家）认为侵权行为侵犯的是企业的私权利，国家不应动用全体纳税人纳税形成的行政资源主动为某一个企业无偿服务，因此，只根据企业申请保护知识产权，并且由企业承担有关处置费用和承担因权利人申请扣留货物可能给进出口人造成的损失的责任。
