专利行政诉讼，主要是指针对国家知识产权局及其专利复审委的审查决定提起的诉讼，还包括部分针对各省市专利局对假冒、冒充专利的行政处罚而提起的诉讼，因为后一类行政诉讼除在管辖方面的特殊规定以外，其他方面与一般的行政诉讼相同，所以，在此分析的特点主要是指前一类专利行政诉讼案件。
一、被告相对固定
在针对国家知识产权局及其专利复审委的专利行政诉讼中，被告相对固定，而根据行政诉讼管辖权的规定，其管辖法院也固定为北京市第一中级人民法院，每年在北京市一中院进行的专利行政诉讼有几百起。
二、审理范围以行政决定的范围为限
专利行政诉讼，首先具有行政诉讼的特点，行政诉讼要求法院的审理范围以行政决定的范围为限，对行政处理未涉及的问题，即使原告人请求法院一并审理，人民法院也不能审理，更不能一揽子作出判决，因为行政机关未进行审查，法院当然不能审理其审查行为是否正确。
三、一般只审查具体行政行为的合法性
行政诉讼要求法院只对被告具体行政行为的合法性进行审查，即只能对被告的审查行为作出正确与否的判断，不能代替被告进行审查，所以，如果法院认为被告的审查行为不合法，一般应当撤销，由被告重新作出审查决定。合法性原则在少数情况下有例外，即在少数有法律明确规定的情况下，法院可以审理行政行为的合理性，进行相应的变更审查结果的判决。现在专利行政诉讼中也规定了这个例外，针对法院撤销行政决定后，复审委在对案件重新审查时周期较长的现象，法律中增加了对专利无效审查的合理性进行审理的权力，也就是法院可以在判决中判定专利权是否有效，所以，当事人可以向法院提出这样的诉讼请求。
四、涉及知识面广
专利行政诉讼，还会在诉讼中涉及到专业的技术知识，并要求将这些技术事实解释为专利法律适用的事实，对参与诉讼的当事人知识要求颇高，不仅要求当事人具备相应的技术知识基础，还要求当事人具备诉讼所需要的法律思维。
五、法院审理专利行政诉讼的法律依据。
专利法及其实施细则和相关的司法解释，行政诉讼方面的法律法规及司法解释，都是法院审理专利行政诉讼的法律依据。一般人认为，《审查指南》也是法院审理专利行政诉讼的法律依据，事实上，《审查指南》只是国务院部门的规章级别的规定，按照《行政诉讼法》，法院对《审查指南》只是“参照”，不是“依据”，“参照”即要求法院在适用前要审查该规章是否正确，对于正确的规章必须适用。所以，在专利诉讼中要注意更多的理解运用专利法以及专利法的法理，对《审查指南》的运用要注意是否与专利法的法理相矛盾。
